home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ Libris Britannia 4 / science library(b).zip / science library(b) / BIOLOGY / STAGES14.ZIP / IPSYNTAX.HLP < prev    next >
Text File  |  1991-09-04  |  3KB  |  72 lines
  1.  
  2.  
  3. In STAGES, cell types are identified by the abbreviations below.
  4. For each species, under the `Show Cell Sequence Data' option, the cell
  5. types are arranged according to their associations within stages.  The
  6. syntax to identify a cell is <type>-<stage>: <type> is the cell's type,
  7. and <stage> is the cell's stage; e.g., S7-7 refers to round spermatid
  8. step 7 (`S7'), found in Stage VII of the Sprague-Dawley Rat cycle.
  9.  
  10.  
  11.  
  12.  
  13.                  A = type A spermatogonium
  14.                 As = type A stem cell
  15.                Apr = paired type A spermatogonium
  16.                Aal = aligned type A spermatogonium
  17.                 Ad = dark spermatogonium type A - stem cell
  18.       Ap, Ap1, Ap2 = pale spermatogonium type A - committed stem cell
  19.              A1-A4 = 1 - 4 type A spermatogonia
  20.                  I = intermediate spermatogonium
  21.                  B = type B spermatogonium
  22.              B1-B3 = 1 - 3 type B spermatogonia
  23.                 PL = preleptotene spermatocyte
  24.                  L = leptotene spermatocyte
  25.                  Z = zygotene spermatocyte
  26.                  P = pachytene spermatocyte
  27.                  D = diplotene/diakinetic spermatocyte
  28.             M1, M2 = meiotic pachytene spermatocyte
  29.                 SS = secondary spermatocyte
  30.             S1-S19 = 1 - 19 spermatids
  31.  
  32.  
  33. The following is an example of the cellular association in the
  34. spermatogenic cycle of the rat.
  35.  
  36.  
  37.   Cells
  38. S15  S16  S16  S17  S17  S18   S19  S19
  39. S1   S2   S3   S4   S5   S6    S7   S8  S9  S10  S11  S12  S13  S14
  40. P    P    P    P    P    P     P    P   P   P    P    P    D    M1/SS/M2
  41. A4   I    I    I/B  B    B/PL  PL   PL  L   L    L    Z    Z    P
  42. Aal  Aal  Aal  Aal  Aal  Aal   Aal  A1  A1  A2   A2   A2   A3   A3
  43. As   As   As   As   As   As    As   As  As  As   As   As   Apr  Apr
  44.                                                            As   As
  45. ------------------------------------------------------------------------
  46. 1    2    3    4    5    6     7    8   9   10   11   12   13   14
  47.   Stages
  48.  
  49.  
  50. Most of the data used for the cellular associations within stages
  51. were taken directly from the references.  (See the `Bibliographic
  52. References' option at the General Menu.)  In a few cases, however,
  53. the cell types and stage durations were estimated after reading
  54. several sources.  There is some disagreement in the literature over
  55. exact stages in certain species.  We have attempted to use the most
  56. widely accepted stage data, but it should be pointed out that there
  57. are two different models concerning the differentiation of
  58. spermatogonia, the Clermont and the Huckins (see 'Bibliographic
  59. References').
  60.  
  61. In the rat and mouse, we use "As" to represent the stem cell
  62. spermatogonium, the "Apr" and "Aal" as undifferentiated
  63. spermatogonia (after Huckins), and the A1-A4 cells as the
  64. differentiated cells (after Clermont).  "As" or "Ad" are used as
  65. the undifferentiated stem cells in all the species contained in
  66. STAGES.  However, "Apr" (paired) and "Aal" (aligned) spermatogonia
  67. have not been identified for all species.
  68.  
  69. The As and Apr spermatogonia do not divide synchronously within
  70. the cycle; therefore, as presented, the STAGES program uses a best
  71. estimate of the linear sequence of the undifferentiated and stem
  72. cell spermatogonia in all the animals.